应用数学研究所成立于1979年，由著名数学家华罗庚创建。该所以具有实际背景的应用数学基础理论研究为主，发展和创造在自然科学、高新技术、经济金融和管理决策等领域中有普遍意义的数学分支和方法，为科技和社会发展服务。曾有多人次共获得过30余项国内外重要奖项，2人在国际数学家大会上做45分钟邀请报告，1人在国际工业与应用数学大会做1小时邀请报告。1人首次作为中国数学家任国际数学联盟执委会副主席，1人首次作为中国学者任国际运筹学联合会副主席。

应用数学研究所现有科研人员56人，其中研究员33人，包括中国科学院院士2人，国家基金委“杰出青年科学基金”获得者7人，国家基金委“优秀青年基金”获得者5人。

优势学科：概率统计及其应用、微分方程与数学物理、运筹学与信息科学。

前沿交叉学科：金融工程与风险管理、生物信息、不确定性决策、图论与组合优化、统计科学、偏微分方程及其应用、量子信息。

研究机构：中国科学院随机复杂结构与数据科学重点实验室、概率与数理统计研究室、微分方程与计算物理研究室、运筹学与信息科学研究室；随机分析研究中心、生物信息学研究中心、图论组合与网络研究中心、统计科学研究中心、偏微分方程及其应用中心、量子计算与量子信息处理研究中心。

现任领导
所 长：骆顺龙
副所长：王益
办公室主任：丁璐
应用所学术委员会名单
学术委员会:
主 任：马志明
副主任：胡旭东、黄飞敏
应用所各研究室
概率统计研究室:
主 任：宋永生
副主任：罗德军
微分方程与计算物理研究室
主 任：王益
副主任：刘晓东、许鹏程
运筹学与信息科学研究室
主 任：张世华
副主任：丁超
挂靠研究所重点实验室及研究中心
中国科学院随机复杂结构与数据科学重点实验室:
主 任：宋永生
副主任：张世华
学术委员会主任：马志明
学术委员会副主任：巩馥洲
生物信息学研究中心:
主 任：吴凌云、Peter Csermely（海外）
副主任：李雷、卢本卓
学术委员会主任：王永雄
图论组合与网络研究中心:
主　任：胡旭东、李皓（海外，法国国家研究中心）
副主任：闫桂英
偏微分方程及其应用中心:
主　任：曹道民、林芳华（海外）、陈贵强（海外）
副主任：张波、 张平
统计科学研究中心:
主　任：范剑青
副主任：陈敏（常务）、巩馥洲、 刘军、 姚琦伟、邹国华
学术委员会主任：马志明、何旭铭
副主任：石坚、王启华、张和平
随机分析研究中心:
主　任：李向东
量子计算与量子信息处理研究中心:
主　任：骆顺龙