由中国科学院与香港科技大学等单位共同主办《供应链管理：理论与应用》国际研讨会（《International Symposium on Supply Chain Management: Theory and Applications》）于2008年12月27日至30日在三亚圆满举行。本次研讨会由香港科技大学郑少辉教授和中国科学院数学与系统科学研究院张汉勤研究员共同担任大会主席。

2008年12月18日中国科学院正式批准成立包括“中国科学院随机复杂结构与数据科学重点实验室”在内的62个中国科学院重点实验室。应用数学研究所所长巩馥洲任“中国科学院随机复杂结构与数据科学重点实验室”主任，马志明院士任学术委员会主任。实验室的成员由应用数学研究所从事相关领域和方向研究的科研人员构成，其中包括两位中国科学院院士：马志明、严加安，和五位杰出基金获得者。

2008年12月20－21日由中国科学院数学与系统科学研究院图论组合与网络研究中心同山东大学数学与系统科学院联合举办的2008年运筹学与组合算法研讨会在济南山东大学召开。

2008年12月20－21日，由数学与系统科学研究院应用数学所主办的“2008年统计科学研讨会”在京成功召开，共有来自国内及香港地区的37名专家参会。此次研讨会是应用数学研究所统计科学系列研讨会的第4次会议。

2008年12月14－16日，由数学与系统科学研究院应用数学所与苏州大学数学学院联合举办的“2008年随机分析研讨会”在苏州大学成功召开。参加会议的还有美国Kansas 大学的胡耀忠教授，江苏大学的杨卫国教授和来自南京航空航天大学和南京大学的老师。

经中国科学院批准，中科院数学与系统科学院亚太运筹中心和中国运筹学会共同主办的《第七届运筹学及其应用国际研讨会》（ISORA2008）及《第二届最优化与系统生物学国际研讨会》(OSB2008)于2008年10月31日-11月3日在云南省丽江市成功举办。

2008年11月10日－13日，首届中日流体力学的数学研讨会（First China-Japan Workshop on Mathematical Topics from Fluid Mechanics）在北京成功召开。本次研讨会的宗旨是为中国和日本的年轻科学家们建立一个论坛以交流他们在非线性偏微分方程的分析及在流体力学上的应用的最新进展。开幕式由应用数学所所长助理黄飞敏研究员主持。

由应用数学所与武汉物理与数学研究所，中国科技大学联合组建的“数学物理联合实验室”主办的偏微分方程及其相关领域国际会议于２００８年１０月２５－２８日在武汉召开．此次会议由武汉物理与数学研究所承办，得到应用数学研究所的资助；会议学术委员会主席为丁夏畦院士，我所曹道民，黄飞敏和何成研究员为会议组织委员会委员。

2008年10月18日在南京举行的中国运筹学会第八届全国代表大会的开幕式上，举行了中国运筹学科学技术奖的颁奖仪式。该奖项是2008年国家科学技术奖励工作办公室正式批准登记的社会力量设立科学技术奖，由中国运筹学会与中国科学出版社共同主办。 我所越民义研究员荣获首届中国运筹学科学技术奖，中国科协书记处冯长根书记和科学出版社林鹏总经理为他颁奖。

2008年10月18－20日中国运筹学会第八届全国代表大会暨第九届学术年会在南京市东南大学圆满结束。来自全国各个省市（包括香港和台湾地区）的近450名运筹学专家学者和研究生参加了会议，是历届会议参会人员最多的一次。我所张汉勤研究员和胡晓东研究员分别担任会议的组织委员会主席和程序委员会的主席。 第八届代表大会选举产生了新一届理事会和常务理事会。