为奖励在培养学生方面做出突出贡献的导师，鼓励教师积极为研究生开设课程，从2007年度开始，设立数学与系统科学研究院优秀教师奖，每年评选一次，包括优秀研究生指导教师和优秀授课教师。经过各单位推荐、委员会评审，最终评选出优秀教师15人，我所丁夏畦院士、马志明院士、严加安院士、张汉勤研究员、黄飞敏研究员共5位科研人员荣获首届优秀教师奖。
为激励研究生勤奋学习、创新进取，争取做出重大的科研成果，进一步推动研究生教育事业的发展，自2003年设立 "中国科学院数学与系统科学研究院院长奖学金"。2007年度第五届研究院院长奖学金由学生本人申请，导师推荐，所内各研究室推荐的9位研究生公开答辩，研究所评审小组经过初评推荐出6位研究生院长奖学金获奖候选人，其余三位研究生常文静（导师：丁祥茂），尚煜（导师：王世坤），张世华（导师：章祥荪）获得应用数学研究所优秀研究生奖。经过研究院组织的评审，最终我所于慧敏（导师：丁夏畦、黄飞敏），孙苏勇（导师：马志明）获得院长奖学金特等奖；宋永生（导师：严加安），李晓亚（导师：崔晋川），李楠（导师：骆顺龙），尚卫苹（导师：胡晓东）获得院长奖学金优秀奖。
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