论文摘要：文章的主要内容是利用优化算法预测蛋白质相互作用。最优化模型的基本假设是结构域是蛋白质执行功能的基本单元，蛋白质相互作用通过结构域相互作用实现。文章的主要贡献在于发展了考虑多结构域相互作用的蛋白质相互作用预测方法。该方法通过集成高通量生物实验数据，不但提高了预测精度，而且可以揭示多结构域相互作用机理。值得一提的是，预测结果得到了 广泛的蛋白质结构和蛋白质物理相互作用，蛋白质功能等生物实验数据的支持和验证。
随着越来越多物种基因组测序完成，人类进入后基因组时代。生物学从定性研究到定量研究转化的过程中面临的一个重大挑战，就是如何从整体层面揭示生物系统中DNA、RNA、蛋白质和生物小分子的相互作用关系，并且讨论它们如何通过这些相互作用产生复杂生命現象。网络作为图论中的一个基本概念，可以简洁而又抽象的描述节点之间的连接关系，目前已经成为研究系统整体性最有力的数学工具之一。生物分子网络是目前生物学研究的一个热点，例如新兴的系统生物学强调在系统水平上研究生物系统，主要研究思路就是通过研究生物系统组成单元之间的相互作用形成的网络来揭示生命系统的复杂行为和功能。
论文题目: Analysis on multi-domain cooperation for predicting protein-protein interactions
论文作者: 王勇
发表刊物: BMC Bioinformatics
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