应用数学研究所成立于1979年，由著名数学家华罗庚创建。该所以具有实际背景的应用数学基础理论研究为主，发展和创造在自然科学、高新技术、经济金融和管理决策等领域中有普遍意义的数学分支和方法，为科技和社会发展服务。曾有多人次获得过国家自然科学二等奖、中国科学院自然科学一等奖、华罗庚数学奖、陈省身数学奖、何梁何利科学进步奖、中国青年科技奖，以及马克斯·普朗克研究奖、国际IFORS运筹学进展一等奖、美国工业与应用数学学会杰出论文奖等国内外重要奖项。2人在国际数学家大会上做45分钟邀请报告，1人在国际工业与应用数学大会做1小时邀请报告。1人首次作为中国数学家任国际数学联盟执委会副主席，1人首次作为中国学者任国际运筹学联合会副主席。

应用数学研究所现有科研人员70余人，其中研究员30余人，包括中国科学院院土2人，国家基金委“杰出青年科学基金”获得者8人，国家基金委“优秀青年基金”获得者7人。