应用数学研究所成立于1979年，由著名数学家华罗庚创建。该所以具有实际背景的应用数学基础理论研究为主，发展和创造在自然科学、高新技术、经济金融和管理决策等领域中有普遍意义的数学分支和方法，为科技和社会发展服务。曾有多人次获得过国家自然科学二等奖、中国科学院自然科学一等奖、华罗庚数学奖、陈省身数学奖、何梁何利科学进步奖、中国青年科技奖，以及马克斯·普朗克研究奖、国际IFORS运筹学进展一等奖、美国工业与应用数学学会杰出论文奖等国内外重要奖项。2人在国际数学家大会上做45分钟邀请报告，1人在国际工业与应用数学大会做1小时邀请报告。1人首次作为中国数学家任国际数学联盟执委会副主席，1人首次作为中国学者任国际运筹学联合会副主席。
应用数学研究所现有科研人员70余人，其中研究员30余人，包括中国科学院院土2人，国家基金委“杰出青年科学基金”获得者8人，国家基金委“优秀青年基金”获得者7人。
优势学科：概率统计及其应用、微分方程与数学物理、运筹学与信息科学。
前沿交叉学科：概率论与其他学科的交叉、通讯的数学理论、金融工程与风险管理、生物信息、不确定性决策、图论与组合优化、统计科学、偏微分方程及其应用、量子信息、反问题和成像。
研究机构：中国科学院随机复杂结构与数据科学重点实验室、概率统计研究室、运筹学与信息科学研究室、微分方程与计算物理研究室；随机分析研究中心、生物信息学研究中心、图论组合与网络研究中心、统计科学研究中心、偏微分方程及其应用中心、量子计算与量子信息处理研究中心。
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